O extenso litoral da Baia de Paraty que conta com 65 ilhas e mais de uma centena de praias, começa em Mambucaba (divisa com Angra dos Reis, estado do Rio de Janeiro) e termina na Vila de Trindade (divisa com Ubatuba no estado de São Paulo). 

Ilha do Algodão: entre a Ponta do Arpoador e a Ponta da Cajaiba. É a maior ilha da Baia de Paraty, com altitude de 230 m. Mata Atlântica, com várias espécies nativas: araribas, louros, cedros, canelas, ipês, coqueiros e palmeiras, e povoada por pequenos animais: tatus, cotias, pacas, lagartos, preguiças e porco-do-mato. Excelente ponto para mergulho e pescaria. Nela vive comunidade pesqueira com igreja e escola rural, servida por 2 piers de atracação. Uma nascente supre as necessidades da ilha e abastece as embarcações que circulam pela região.

Ilha Deserta: em frente à Ponta da Cajaiba, no início da Enseada do Pouso. O lajeado que caracteriza o atrativo constitui habitat natural de peixes de toca, transformando o local em excelente pesqueiro. Sua intensa vida submarina povoada por cardumes coloridos e a boa visibilidade das águas adjacentes, limpas, transparentes e de pouca profundidade, fizeram da ilha um concorrido ponto de mergulho, considerado um dos melhores da região. Existem restos de um naufrágio, distante apenas cerca de 100 m para fora da ilha, situado a 30 m de profundidade, perfeitamente acessível a mergulhadores experientes. Possui intensa cobertura vegetal. 

Ilha do Cedro: entre a Laje Preta e a Ilha do Caroço, na altura da Praia do Taquari. Sua cobertura e formada de arvores de pequeno e médio porte, onde podem ser vistos representantes da Mata Atlântica. Nela existe acolhedora praia com extensão de 50 metros, de areias amarelas e finas, banhadas por águas calmas, indicadas para banhistas e sombreada por arvores copadas. Sua orla muito pedregosa e muito frequentada por praticantes da caça e pesca submarina, bem como mergulhadores de observação e pescadores. 

Ilha da Cotia: entre o Saco de Santa Cruz e o Saco da Preguiça. Foi usada, no passado, para comercio ilegal de ouro e trafico de escravos. Os escravos fujões e revoltados eram acorrentados em gruta próxima, afogando-se com a subida da maré. Na ilha existe uma fazenda marinha de mexilhões, franqueada a visitação. E coberta por espécies nobres da Mata Atlântica: jacarandá, aroeira, guapuruvu, peroba, cedro e canela e povoada por capivaras, gambás, cotias, tatus e lagartos e vários tipos de aves: sabias, tiés, trinca-ferros, maritacas e martim-pescadores.

Ilha do Catimbau: pequena formação rochosa entre a Ponta Grossa de Paraty e a Ponta do Arpoador, em frente à Ilha Comprida. Formada por grandes blocos de pedra, situada pouco acima da linha d'água, a 7 milhas náuticas do continente. Sua importância reside em seu estratégico posicionamento na rota da maioria dos saveiros que saem de Paraty. Possui pouca cobertura vegetal, que se resume a algumas pequenas arvores e uns poucos coqueiros. Constitui excelente pesqueiro artesanal, dotada de pequeno píer de atracação. Ótima para mergulhos, com visibilidade de ate 1 Km.

Ilha Duas Irmãs: há um restaurante que assegura o acesso dos turistas. A poucos minutos do cais, as duas formações rochosas abrigam inúmeras espécies marinhas. Na maré baixa, aparece uma prainha de areia branca.

Ilha dos Cachorros: corresponde a um sonho de paraíso tropical. Coberta com uma vegetação exuberante, tem uma piscina natural de água salgada protegida por costões e uma pequena casa que pode ser alugada. 

Ilha dos Cocos: ponto muito procurado. Ligada à Ilha do Algodão por um imenso lajeado submerso, propicia belos mergulhos.